Skrzynie występują w przeróżnych miejscach w grze w MFO2 i MFO3. Niektóre skrzynie są ukryte, inne dostępne w banalny sposób. Każda skrzynia skrywa w sobie pewien skarb, cenniejszy w zależności od jej występowania.
Często po pokonaniu trudnych przeciwników zyskujemy dostęp do skrzynki. Zdarzają się także skrzynie zamknięte na klucz, przez co musimy rozwiązać zadania związane ze zdobyciem kluczy. W takich skrzyniach jest najcenniejsza zawartość.
W danym przechodzeniu fabuły każdą skrzynkę można otworzyć tylko jeden raz.